В 1930 году 7 школ пригородного района: Мархинская, Маганская, Кильдямская, Павловская, Табагинская, Владимировская, Хатасская перешли в ведение гороно.
В 1830-1850-х гг. в урочище Маган обоснавались купцы II гильдии города Якутска Пётр и Иван Леонтьевы, Василий Шилов, Колесовы. Из них только П. Леонтьев, живя в Магане, имел пашни, измеряемые в сотнях десятин. Их усадьба стояла на берегу озера, которое сейчас называется Леонтьевским. В 70-е гг. XIX в. Купцы прекратили заниматься хлебопашеством. В 1848 г. в урочище Маган была построена деревянная Петропавловская часовня.
В 1908 году жители села обратились к обществу приказчиков г. Якутска с просьбой помочь в открытии школы. Впервые об истории создания школы в с. Маган упоминается в газете «Якутская жизнь» (21 августа 1908 г.): «Имея в селении до 40 детей школьного возраста и озабочиваясь представлением им надлежащего воспитания, крестьяне обратились к обществу взаимопомощи приказчиков в Якутске с просьбой об оказании им какого-либо пособия на устройство школы, причем открыть предполагаемую школу имени Льва Николаевича Толстого. Настаивая на том, чтобы школа была министерской, крестьяне были согласны на свой счет предоставить здание, а также и взять на себя расходы по отоплению, освещению и вообще отнесение мелких расходов». В этом же номере газеты в колонке «Хроника» было опубликовано, что «В конторе редакции газеты «Якутская жизнь» принимаются пожертвования на устройство в селении Ново-Николаевского (Маган) народной школы имени Льва Николаевича Толстого. Отчет о пожертвованиях будет напечатан в газете «Якутская жизнь». Редакция начала принимать пожертвования и публиковать списки первых пожертвований в фонд строительства школы, начало которым положили сами жители (22 руб.). Проявляя заботу об открытии школы, Общество приказчиков решило 28 ноября 1908 г. отметить в торжественной обстановке юбилей писателя. К сожалению, намеченный вечер не состоялся, так как Л.Н. Толстой был запрещен властями, и школа не открылась.
25 октября 1911 года вновь состоялся сход жителей селений Ново-Николаевского и Прохладного. Его участники приняли решение открыть школу, взяв все расходы на себя. Уже 22 декабря 1911 года вышел приказ инспектора народных училищ о назначении учителем Ново-Николаевского начального училища с 1 января 1912 г. Анны Сергеевны Середкиной.
С сентября 1912 года начались первые занятия учащихся. Школьники изучали чтение, письмо, чистописание, арифметику, пение и Закон Божий.
С 1915 года начала педагогическую деятельность ее старшая сестра – Ксения Сергеевна Середкина. Она в своих воспоминаниях писала: «…Осень 1915 года. Кончилась беззаботная жизнь. Я поехала работать. Село Маган, куда я приехала учительствовать, расположено на берегу озера, на противоположной стороне которого раскинулся темно-зеленый сосновый бор. Население села было русское, среди которых были сектанты: толстовцы, евангелисты и др. Хозяин дома, в котором помещалась школа, Чижов, толстовец по убеждению, занимался сельским хозяйством. Помещение школы небольшое: классная комната на 20 парт, комнатка для учительницы и маленькая раздевалка. Сам Чижов занимал кухню и комнату. В школе поддерживалась идеальная чистота; уборщицей работала жена Чижова. Я любила свою работу, любила ребят, педагогическая работа – это мое призвание».
Учителями в разные годы работали: Солдатова Екатерина Перфирьевна, Корепанов Федор Иванович, Мержевич Сергей Николаевич и другие.
В 1919 году в школе обучались 14 детей, из них 7 мальчиков, 7 девочек.
В 1930/31 уч.г. Маганская школа была 3-леткой, в 1934 году стала начальной школой.
Ученики начальных классов, учитель Шестаков Г.Г., 30-е гг.
Ученики начальной школы колхоза Жукова, учитель Николаева М.Г., 1948 г.
Ученики начальных классов, учитель Кузьмина М.И., 50-е гг.
Маганская школа является одной из самых старых школ нашей столицы. За эти годы она выпустила тысячи учеников, которые стали руководителями больших предприятий, учёными, авиаторами, врачами, учителями, военными, спортсменами и другими славными людьми села Маган, города Якутска и всей республики. Школа в праве гордится своими учениками, победителями различных конференций, конкурсов и олимпиад городского, республиканского и всероссийского уровня.
Современная Маганская школа, это сплав опыта, больших традиций и современного подхода в преподавании. В ней работают опытнейшие учителя, выпустившие много славных выпускников, некоторые из которых, вернулись обратно в школу чтобы работать учителями и педагогами.